咨询热线在水保方案编制过程中存在一些问题。不同的方案编制单位水平不同，层次差异较大。这意味着不同单位在编制方案时的质量和水平会有差异，有些单位可能缺乏专业知识和经验，导致方案质量较低。其次，方案编制阶段与实施阶段的内容差异较大。方案编制阶段的目标是设计出科学合理的方案，而实施阶段的目标是落实和执行方案。
1、 方案编制单位水平各异，层次差别较大
在《国务院关于取消和调整一批行政审批项目等事项的决定》(国发〔2015〕11号)颁布之前，生产建设项目水保方案基本由持证人员编制完成，颁布之后出现了编制人员多样化的局面。由于专业的不同、从业人员的编制经验不同、各编制单位对方案的编制内容理解不同，所形成的方案报批稿水平各异、层次差别较大，尤其是市县批复的项目。水保方案仅仅是诸多项目前期报备材料应具有的条件之一，只要符合编制程序、编制规范就可以通过评审并取得批复。这里面编制质量的好坏、设计措施落实的实际可能性大小无法真正体现，最终造成了后续验收困难。
2、方案编制阶段与实施阶段内容差异较大
按照水利行业的一般规定，水保方案编制可分为可行性研究、初步设计、技施设计三个阶段。但是，由于铁路、公路、电力、能源、城市建设等行业前期工作的阶段划分和要求与水利行业存在较大的差异，因此其前期工作的深度不能满足水保方案编制的要求。目前，水保方案编制阶段一般理解为建设项目可行性研究阶段，依据的文本主要是可行性研究报告。而诸多案例表明，不同类型建设项目可行性研究阶段的技术深度不同，好多水保方案必须重视的关键部位和关键内容在可行性研究阶段交代不深，所形成的报批稿往往在后续实施(设计)阶段变化很大。这种变化的最终处理方式是方案变更不仅耗费时间，造成建设单位的额外支出，还会影响项目的开工建设时间。
3、 设计阶段工作相对弱化
按照水保方案编制程序，方案报批后建设单位要委托相关单位完成水土保持初步设计直至施工图设计，但实际的情况是这种后续工作多为空白。好多项目仅仅依据批复的水保方案进行措施落实，而落实的情况却因各种原因与方案设计差别较大，水土保持三同时制度在此环节上错位尤为严重。
4、同一区域设计内容差异较大
水保方案一般是由建设单位自主或者委托第三方单位编制完成。各编制单位的喜好和技术条件决定了同一区域水保方案侧重点不同、措施类型五花八门。工程技术力量强的喜欢设计各种工程措施，植物技术力量强的喜欢设计各式各样的植物措施，从而造成了同一区域最终落实的水保措施各不相同。这种情况虽然有部分工程的特殊情形限制，但在同一区域不同的设计思路往往破坏了区域整体规划，所导致的后果往往是区域整体统一性和标准化出现过大的差异。比如，西北某省一个光伏产业园区20多家单位就编制了20多个不同的方案，而且措施各异。
5、建设单位理解不到位，重视不够
近几年，由于国家加强对生产建设项目的环保、水保督查工作，各项目建设单位对这方面的工作也有所加强，大多数建设单位不仅自己成立了专门的部门落实和检查水保工作，而且各施工单位也同样有专门的部门完成这一工作。但实际的情况是无论是建设单位还是施工单位，机构有、制度有，就是缺乏相关专业技术人员。尽管有水土保持监测单位和监理单位的现场工作辅助，但对一些突发性的水土流失事件往往无法及时处置，甚至出现好多单位认为水土保持工作就是环保工作，往往将环境报告和水保方案报告的落实等同一事。
